胃间质瘤主要的检查和诊断手段是行胃镜和CT检查。
(1)胃镜及超声胃镜检查:
对于胃GIST，胃镜可帮助明确肿瘤部位及大小。
超声内镜对于胃外生性肿瘤可协助诊断，协诊GIST位置、大小、起源、局部浸润状况、转移等。
部分患者可获得病理学诊断。
(2)CT检查：
CT 平扫发现肿瘤多呈圆形或类圆形, 少数呈不规则形。
良性肿瘤多小于5cm ,密度均匀,边缘锐利，极少侵犯邻近器官,可以有钙化表现。
恶性肿瘤多大于6cm,边界不清,与邻近器官粘连,可呈分叶状,密度不均匀,中央极易出现坏死、囊变和出血, 肿瘤可出现高、低密度混杂, 钙化很少见。
增强CT 可见均匀等密度者多呈均匀中度或明显强化,螺旋CT 尤以静脉期显示明显。
这种强化方式多见于低度恶性胃肠道间质肿瘤，坏死、囊变者常表现肿瘤周边强化明显。
CT消化道三维重建对于肿瘤可协助诊断，协诊 GIST位置、大小、局部浸润状况、转移等。
GIST 的诊断通常在术前活检或急诊手术时获得。
当没有得到组织学样本，特别是小的黏膜下肿瘤在内窥镜活组织检查时不能获得时，最终应考虑经腹手术活检。
传统观念一直认为 GIST 由于活检存在引起肿瘤的破溃及扩散的可能，因此多不主张活检。
但随着有效靶向药物伊马替尼的出现，在估计肿瘤无法切除时，可行经皮穿刺活检和术中冰冻切片活检。
活检可为啁确诊断或检测 c-Kit 及 PDGFR-α为下一步的伊马替尼治疗提供病理学及用药依据。
NCCN2007 年版的指南认为：只要是为避免外科手术所引起的功能损害，就可以考虑行活检后用伊马替尼治疗。
虽然反对意见仍旧存在，但越来越多的外科医生已开始慢慢接受并应用术前活检。
在 GIST 概念提出的早期，许多文献认为 GIST 分良恶性。
但随着临床中发现，被认为良性的 GIST 也可发生复发或转移，良恶性的划分方法被多数学者摒弃。
目前认为 GIST 无绝对良性，是一种具有潜在恶性行为的肿瘤，其生物学行为难以预测，最有价值的参考指标是肿瘤的大小、核分裂指数和解剖位置。
自 Fletcher 提出的分级标准在临床上广泛应用，肿瘤大小和核分裂数成为判断 GIST 恶性程度的最公认的指标。
近几年来的研究发现肿瘤部位也足预测原发 GIST 切除术后复发的独立因素，不同部位的 GIST 在相同的肿瘤大小和核分裂数下，恶性程度并不完全一致(小肠 GIST 术后复发率最高)。
推荐间质瘤患者可服用一类抗肿瘤中药成分人参二醇组皂苷rh2有效抵抗肿瘤的进一步发展。
人参皂苷-Rh2(ginsenoside Rh2,简称GS-Rh2)是从人参中分离得到的原人参二醇型低糖链皂苷单体。
它是生晒参加工红参时,由于某些原人参二醇组人参皂苷受热分解，配基上糖链断裂降解产生的次皂苷。
人参皂苷Rh2——人参皂苷主要活性物质经水解后，最后产物中抑制肿瘤细胞增殖作用的能力最强的成分。
目前研究能达到16.2以上的人参皂苷rh2含量是最适宜病人吸收的标准。