在实验室中，冻干有很多不同的用途，它在许多生物化学与制药应用中是不可缺少的。
它被用来获得可长时期保存的生物材料，例如微生物培养、酶、血液、与药品，除长期保存的稳定性以外，还保留了其固有的生物活性与结构。
为此，冻干被用于准备用做结构研究（例如电镜研究）的组织样品。
冷冻干燥也应用于化学分析中，它能得到干燥态的样品，或者浓缩样品以增加分析敏感度。
冻干使样品成分稳定，也不需改变化学组成，是理想的分析辅助手段。
冷冻干燥可以自然发生。
在自然情况下，这一过程缓慢而且不可预测。
通过冷冻干燥系统，人们改进、细分了很多步骤，加速了这一过程。
尽量控制真空泵的流量和扬程在标牌上注明的范围内，以保证真空泵在最高效率点运转，才能获得最大的节能效果。
真空泵在运行过程中，轴承温度不能超过环境温度35C，最高温度不得超过80C。
如发现真空泵有异常声音应立即停车检查原因。
真空泵要停止使用时，先关闭闸阀、压力表，然后停止电机。
真空干燥过程受供热方式、加热温度、真空度、冷却剂温度、物料的种类和初始温度及所受压紧力大小等因素的影响，通常供热有热传导、热辐射和两者结合三种方式。
