软件著作权登记文件是对登记事项的初步证明，对确定软件著作权的归属、理顺著作权关系、减少著作权纠纷以及打击非法盗版等有着积极的作用。
1、软件著作权登记是软件得到重点保护的依据。
《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第32条规定：“国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。
”
2、软件著作权登记是提起诉讼、司法保护的前提。
在发生软件著作权争议、软件著作权纠纷时，《软件著作权登记证书》是著作权人主张权利的证明，因此，它是向人民法院提起诉讼，请求司法保护的前提。
3、软件著作权登记是软件作品作为技术出资入股的前提。
《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定计算机软件可以作为高新技术出资入股，但是一般都要求权利人提供《软件著作权登记证书》作为评估依据。